Creio que para calcular a incerteza em parâmetros de regressões se deve calcular o desvio de cada valor ao valor apresentado na reta, a incerteza seria o valor de maior desvio. Respondendo mais diretamente à questão: creio que a variável independente não teria qualquer incerteza, já a variável dependente seria o maior desvio das diversas ordenadas ao valor da reta, ou seja, seria o mesmo que calcular a incerteza para a regressão em si.
Para calcular a incerteza de regressões relativamente ao valor teórico, creio que teriamos que calcular o valor teórico para vários pontos, ou tentar calcular o valor teórico do declive e ordenada na origem. Tal dependeria de cada caso.
Uma vez mais, creio que não existiria qualquer incerteza relativa à variável independente e portanto seria suficiente calcular a incerteza para o valor da variável dependente.
Ai teria que ser utilizada a fórmula para o cálculo da incerteza relativa a uma medição, que estou certo de que deves saber.
Pesquisei aqui um pouco e observei o seguinte documento, creio que gostarás de ver:
http://www.spmet.pt/Eventos/Encontro1/Manuel_Matos.pdf (Página 4, nomeadamente.)
Não analisei a informação ai transmitida, mas à partida diria ser de confiança.
"Success is going from failure to failure with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill